关于仲氏姓源，众讼纷纭，莫衷一是。
诸家记载，以东汉永康元年（公元167年）《济阴太守孟郁修尧庙碑》为最早。内中提到“维序仲氏，沐鸣代理登录中心祖统所出，本继于姬周之遗苗。天生仲山甫，翼佐中兴。宣平功遂，受封于齐。周道衰微，失爵亡邦。后嗣乖散，各相土择居。帝尧萌兆生长，葬陵于成阳，圣化常存。慕巍巍之盛乐，风俗之美，遂安处基业，属都乡高相里，因氏仲焉，以传于今。”；建宁五年（公元172年）《成阳灵台碑》背阴列仲氏出钱捐助者三十一人，熹平元年（公元172年）《汉故廷尉仲君之碑》曰“君讳定，圣汉龙兴家于成阳。父张掖广汉太守，以父勋拜琅琊太守……迁廷尉……熹平元年孟秋上旬，君遘疾，不瘳，于是门生养徒故吏乡党刊石勒铭表达焉。”这里记载的仲氏乃是成阳仲氏，该支族人在有汉一朝蔚为大族，官职最高者为廷尉仲定，廷尉管理天下刑狱，相当于现在的司法部部长。
有意思的是，在以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系中，查不到关于成阳仲氏的任何记载。
同时值得注意的是，该碑仅提及仲氏与仲山甫的渊源关系，并未提及仲由与仲山甫的关系。碑内所记载的“属都乡高相里，因氏仲焉，以传于今。”注明了源出于仲山甫的这一支仲氏的籍贯：“都乡高相里”。查《集古录•宋宗悫母夫人墓志》有：“涅阳县都乡安众里人。”又云：“秣陵县都乡石泉里。”顾炎武认为“都乡之制，前史不载。按都乡盖即今之坊厢也”。《汉故廷尉仲君之碑》记载“聖汉龙兴，家于成阳”，而《济阴太守孟郁修尧庙碑》所记载的正是仲定率领族人修尧庙的功绩。可知：这里的“都乡高相里”，乃是“成阳都乡高相里”。成阳在哪里呢？现代考古发现，成阳故城和成阳尧陵遗址就在菏泽东北60里的胡集乡，跟当时仲由后裔定居的任城延就亭（今微山县仲家浅）相距遥远。“成阳都乡高相里”在菏泽东北60里的胡集乡附近，胡集乡旁边有个都司镇或许跟成阳都乡也有点瓜葛。但很难说明“成阳都乡高相里”这支仲氏与仲由之间存在血缘关系，除非有新证据发现。
仲由与仲山甫的关系，唐代权德舆撰写的《唐故尚书司门员外郎仲君墓志铭并叙》最早提及，原文为“君讳子陵，字某。其先鲁献公仲子，曰山甫，入辅于周，食采于樊。其后鲁有季路，卫有叔圉，用儒术行政事，沐鸣官方平台登录代为家法”。虽然“叔圉”也被有些史书称为“仲叔圉”，但是否氏仲？是否跟仲由是一族？有待进一步举证。
稍后的唐宪宗元和年间，林宝撰写了一部《元和姓纂》，沐鸣官方网站其中记载：“仲：高辛氏才子八元仲堪、仲熊之后，以王父字为氏。一云鲁桓公子子孙号仲氏；又虺为汤左相，子孙氏焉。仲尼弟子有仲由字子路，汉有廷尉仲定，少府监仲景。唐司门员外郎仲子陵，成都人。种：本姓仲氏，仲山甫之后。后因避难改为种氏。后汉有种暠。仲孙：子孙号仲孙氏。《左传》齐有仲孙湫，《韩子》有仲孙章。”这里所谓的“鲁桓公子子孙号仲氏”云云，指的是仲孙氏，后裔不传。查《新唐书•宰相世系表•任姓》云仲虺为奚仲十二世孙。汉有廷尉仲定云云，详见《汉故廷尉仲君之碑》，乃仲山甫后裔。又“少府监仲景”云云，已无稽可考。又“唐司门员外郎仲子陵，成都人”云云，详见唐权德舆《唐故尚书司门员外郎仲君墓志铭并叙》，仲子陵，祖籍彭城，迁徙四川，系大历十三年进士。《元和姓纂》的记载颇为驳杂，牵合了五种说法：1.先祖仲堪、仲熊说；2.先祖仲虺说；3.先祖子孙说；4.先祖仲由说；5.先祖仲山甫说。以驴唇印马嘴，自相矛盾，难逃附会之责，沐鸣族谱好用吗？极难取信。有意思的是，明清之后，各地族谱均采用这种大杂烩的说法，估计这跟《元和姓纂》发行量大、容易见到有关。
到了宋朝，章定撰《名贤氏族言行类稿》沿袭《元和姓纂》之说。但邓名世撰《古今姓氏书辩证》提出了异说。内中提到：“仲：出子姓，宋庄公子城，字仲子。生公孙师，师生江，为宋司马，以王父字为仲氏，所谓司马仲江者。江生几，字子然，为元公左师。生坨，字子服。其族居卫者为由，字子路，为孔子弟子。裔孙居乐安及中山。后汉右扶风仲光击零昌，唐王璠传有学士仲无颇。又鲁东门氏被逐立襄仲之子婴齐为仲氏，其后无闻。《元和姓纂》曰高辛氏才子仲熊仲堪之后为氏，有仲虺，为汤左相，其子孙氏焉。二说皆误，盖附会之过也。宋兵部侍郎天章阁侍制仲简字畏之，扬州江都人。”虽然《古今姓氏书辩证》沿袭了西晋杜预《公子谱》之说，几乎一字未改。但是其可靠性却很难确定。《春秋•定公元年》载“元年春王三月。晋人执宋仲几于京师”，根据《仲志》所撰年表，彼时先贤仲子路三十四岁，查以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系中的《仲氏族谱》“春秋时有仲氏讳咨，为卞邑大夫，遂家于卞，二世奂，三世式，四世度，五世肇，六世拱北，七世凫，娶宋氏，生子命名曰由，是为先贤仲子”。再与《古今姓氏书辩证》与《公子谱》的记载相比较，明显时间上有冲突。故而很难取信。
明朝的《卞里志》、《圣门志》、《仲志》和各地族谱均延续了《元和姓纂》的姓源说。
这一做法一直延续到清朝。以康熙年间出版的仲于陛增损本《仲志》为例，其中这样记载：“仲子其先姬姓，帝喾高辛氏之后也，高辛氏才子八人，其仲曰堪，子孙遂以王父字为氏，传至夏商，有奚仲，居薛，为车正。奚仲之子虺为汤左相，其后不可考。逮周中世有曰咨者（子路七世祖），为卞邑大夫，遂家于卞。咨生奂，奂生式，式生度，度生肇，肇生拱北，拱北生凫，凫即仲子之父也。”里面甚至并未提及仲山甫。
而同时代的顾炎武，在其所撰《日知录》卷二十三里，重提了汉碑中关于仲氏源出仲山甫的说法：“仲氏：汉《济阴太守孟郁修尧庙碑》曰：‘惟序仲氏，祖统所出，本继于姬，周之遗苗。天生仲山甫，翼佐中兴，宣平功遂，受封于齐。周道衰微，失爵亡邦，后嗣乖散，各相土译居。帝尧萌兆，生长葬陵，在于成阳，圣化常存。慕巍巍之盛，乐风俗之美，遂安处基业，属都乡高相里，因氏仲焉，以传于今。’其阴列仲氏有名者三十余人。又《廷尉仲定碑》略同。汉时仲氏，自谓仲山甫之后，托基于帝尧之陵。而今则以为孔子弟子子路之后，援颜、曾、孟之例，而求为五经博士矣。然春秋之以仲氏者不一，而仲山甫未尝封齐，则汉人之祖山甫未必是，而今人之祖子路亦未必非也。”这里面有一个重大疏漏，顾炎武无意间模糊了仲氏的籍贯差异。源出仲山甫的成阳都乡高相里仲氏与源出仲子路的卞里仲氏在籍贯上有本质的差异。同时顾炎武还犯了一些小错误，如误记《灵台碑》阴为《济阴太守孟郁修尧庙碑》阴，又未见过《汉故廷尉仲君之碑》原文，出现了一些引文小疵。但总而言之，其论断还是瑕不掩瑜，颇为公允。
在清乾隆乙未（即乾隆40年，1775年）之时，仲家浅翰博重修《仲氏族谱》，首次将汉碑中关于“成阳都乡高相里仲氏源出仲山甫”之说的记载与“卞里仲氏源出仲子路”之说做了牵合：“仲氏姬姓也。高辛氏才子八人，其仲曰堪。子孙遂以王父字为氏。历经夏及商，代有名人。然传记互异，未可援以为信。惟考汉《济阴太守孟郁修尧庙碑》曰‘维序仲氏祖统所出，本继于姬周之遗苗。天生仲山甫，翼佐中兴。宣平功遂，受封于齐。周道衰微，失爵亡邦。后嗣乖散，各相土择居。帝尧萌兆，生长葬陵，在于成阳，圣化常存。慕巍巍之盛乐，风俗之美，遂安处基业，属都乡高相里，因氏仲焉，以传于今。’其阴列仲氏有名者三十余人，又廷尉仲定碑略同。是汉时以前仲氏皆祖山甫也。而先贤之与山甫相距二百余年，世次缺略，亦未敢轻序其确。而可据者，春秋时有仲氏讳咨，为卞邑大夫，遂家于卞，二世奂，三世式，四世度，五世肇，六世拱北，七世凫，娶宋氏，生子命名曰由，是为先贤仲子。”但编纂者并未十分肯定，还是很有些科学态度。
到了清光绪2年（1876年）的《仲里志》，却再次将仲堪、仲虺、仲山甫一勺烩：“仲氏先姬姓，帝喾高辛氏之后也，高辛氏才子八人，其仲曰堪，子孙遂以王父字为氏，历夏及商，代有闻人，第世次阙如，未能详叙。至周宣王时，山甫为樊候，补衮，诗人美之。其后有咨，为卞邑大夫，遂家于卞。咨生奂，奂生式，式生度，度生肇，肇生拱北，拱北生凫，凫娶宋氏生由。”其公信力越来越差。
然而有意思的是，自从南宋初年携谱迁居吴江的子路后裔的嫡长支派却在族谱中一直保留了仲山甫的蛛丝马迹，苏南、浙江一带的仲氏族人族谱的堂号一直为“中山堂”，这个堂号本身与仲山甫有关。在族谱中江南族人也一直以仲山甫后裔自居，如镇江、吴江、常熟等地族人。再如浙江桐乡县族人（源出仲氏大宗所在地吴江盛泽镇）所抄民国期间《桐乡仲氏族谱》，也明确记载了仲由的七世祖是“周樊侯裔”。
综上，虽然家谱多不可信，但假如我们相信家谱的话，那么我们仲氏家族的来源就是下面这个样子：
仲氏的祖先追本溯源，肇始于自轩辕黄帝，乃高辛支派，本为姬姓，周武王得天下，封仲氏远祖姬旦（西伯侯姬昌之子，周武王姬发之弟）于曲阜，是为鲁公。姬旦不就国，留在周朝首都辅佐天子，是为周公，史称“周公旦”。 其子伯禽远赴曲阜就任鲁公，为鲁国首任国君，传至第七任国君鲁献公姬具时，其仲子【二儿子】山甫再度被选入周朝首都成为畿辅重臣，最终辅佐周宣王中兴周室，《诗经•烝民》便是尹吉甫歌颂仲山甫的诗歌，其子孙的一支以排行为氏，因此才有了仲氏。西汉之初，部分后裔迁居成阳都乡高相里，今菏泽市东北60里的胡集乡附近，其后裔闻达不断。与此同时，周朝中期，子路的七世祖仲咨定居卞邑（原属泗水县，今山东省平邑县仲村镇），嫡长支后裔在东汉更始元年迁居山东济宁，南宋初年49代嫡长孙又南渡江苏吴江盛泽镇，后裔散居苏州、杭州、嘉兴、镇江、泰州、连云港、宿迁、扬州、宁阳等地。
仲衍在元朝至正十二年的家谱序言中证实了这一点：“宗主谆谆告曰：‘卞里仲村，吾祖籍也；任城横坊村，吾旧里也。”由于历史原因，盛唐以前，仲氏子孙世系清楚，多以仲山甫为始祖。对于这一点，在《济阴太守孟郁修尧庙碑》、《唐故尚书司门员外郎仲君墓志铭并叙》中都有明确记载，彼时家谱尚完整无缺。安史之乱后，成阳仲氏、彭城仲氏望族流离失所，家谱散佚无余。
不同于仲山甫被历代帝王冷落的遭遇，早在唐开元二十七年（739年），子路便被追封为“卫侯”，此后屡受追封，宋大中祥符二年（1009）加封“河内公”，南宋咸淳三年（1267年）封为“卫国公”，明嘉靖九年改称“先贤仲子”。借着仲子路被历代帝王封赏和子路后裔可以免除田赋的东风，以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系得以发展，其势头掩过了以仲山甫为始祖的族谱体系。到了明清两代，皇帝授予仲子路后裔免赋税的待遇，更是吸引了全国仲氏的目光，此后，在山东济宁翰林院五经博士的协助下，甚至天下仲氏皆以仲子路为始祖了。更有甚者，一贯以仲山甫为始祖的种氏的一支山东种氏，也跟起风来，将祖宗改为仲子路，甚至参照济宁仲氏翰博的繁衍速度，为自己的族人定了代数。据我了解全国其它地区的种氏，仍以仲山甫为始祖。我国最早介绍姓氏著作唐.林宝《元和姓纂》记载； “种，本姓仲氏，仲山甫之后。魏因避难改为种氏，后汉有种暠洛阳，大司徒，暠生拂，拂生邵大鸿胪卿。
源出于仲山甫的仲氏后裔大都被收编在以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系之中，开启了“天下仲姓是一家”的新局面。
以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系源流清晰，最早可追溯到北宋宣和年间，彼时49代大宗主仲基祖益庵公持重修《仲氏统谱》于济宁横坊村（今仲家浅）。建炎二年，49代大宗主仲基率族人南渡，定居苏州府吴江县盛寨荡（盛泽镇）膳字圩。南宋淳熙年间，52代大宗主仲胤文主持重修《仲氏统谱》于苏州吴江盛泽镇。大明正统五年，彼时大宗主59世仲月谿续修《仲氏统谱》于苏州吴江盛泽镇。此时距离淳熙《仲氏统谱》的编纂，已经过了二百多年，家族也已经繁衍了七八代人之多。这次续谱，规模庞大，周边族人都被收录，扬州、杭州后裔皆入谱，因山东已有北谱，山东族人并未收录。顺治五年，满清已然入关，64代仲时铉（字儒章）于此年续修完成《仲氏统谱》，出版年号仍标明“崇祯戊子”，以示气节。这次家谱的编纂，在仲家历史上是承前启后的。也因其内容的正确性，成为有明一朝最权威的仲氏族谱版本。
元朝末年，专收山东济宁仲家浅留守族人的《仲氏北谱》开始独立编纂。元朝至正十二年，小宗50代仲衍受盛泽镇大宗主的委托主修《仲氏北谱》于济宁仲家浅，此谱有一部元末明初流落新疆，不存于山东。此谱存在济宁仲家浅的版本，据《卞里志》记载，被兵火所毁。济宁此后的北谱（仲家浅族谱），系依据庙碑重新拼凑而成，多有主动或被动的误接，造成了世系紊乱。
鉴于北方族谱残缺，明朝万历年间，泗水县知县谭好善以“议功不议亲”的原则，快刀斩乱麻，平息仲家浅的宗子之争，立60代仲铨为宗子，主持泗水祖庙祭祀，《卞里志》的宗子世系，便有明显拼凑痕迹。崇祯年间，仲家浅宗子之争再度燃起，崇祯十六年，以61代济宁仲于陛的获胜而结束，随后，仲于陛及其子孙被封为世袭翰林院五经博士，主持济宁泗水两地祖庙的祭祀，他们一支主持的《仲志》《仲里志》的世系也是有明显的拼凑痕迹。
满清入关之际，61代济宁仲于陛偕泗水孔胤植北面事之，其子孙在乾隆四十年主修的族谱，此时的族谱已经经过拼凑，早已失去元至正十二年《仲氏北谱》的原貌，仲于陛后裔在该谱中延续了拼凑的世系，且借助翰博之权势与北庙之形胜，广为收编各地族众，甚至为了收族，不惜改谱。此后，以先贤仲子路为始祖的族谱世系体系，尤其是翰博谱体系，越过地域阀限传遍大江南北黄河两岸，各地仲氏族人纷纷主动或被动的续接到了仲子路分支的名下。从此仲山甫后裔里的“仲子路后裔”和“非仲子路后裔”在“天下仲姓是一家”的旗帜下，围绕在新的始祖先贤仲子路周围，团结在一起。